시간적인 배경은 《공각기동대 SAC 2nd GIG》로부터 2년이 흐른 뒤로, 쿠사나기 모토코는 공안 9과를 떠났다.
2년 간 9과는 훨씬 더 큰 규모로 재편하면서 토그사를 새 지휘관으로 삼았다.
새 공안 9과는 '초(超)위저드급 해커'인 '꼭두각시 광대'가 배후에 있는 것으로 추정되는 여러 기괴한 사건을 맞닥뜨린다.
손에 범(梵)이라는 글자를 문신으로 새긴 시아크 공화국의 특수 공작원 13명이 일본에서 연쇄적으로 자살한다.
무려 2만 명에 달하는 어린이들이 일본에서 아무도 모르게 납치됐다.

한편, 9과의 고참 대원인 바트는 모토코가 9과를 떠난 이후 그녀가 개입한 흔적이 보이는 사건을 계속 추적해왔다.
'꼭두각시 광대' 사건 역시 모토코가 관련돼 있다고 판단한 바트는 수사에 적극적으로 참여하다 극적으로 모토코와 재회한다.
그러나 그녀는 바토에게 "Solid State에 다가가지 말라"는 뜻 모를 경고만 남기고 다시 사라져버린다.
조사가 계속되면서 바트는 모토코가 '꼭두각시 광대'가 아닌지 의심하게 된다.